Wrzesień jest szczególnym miesiącem w naszym sanktuarium. Jest to czas, w którym przeżywamy odpust ku czci Podwyższenia Krzyża Świętego (14 września). Sama nazwa tego święta pochodzi od faktu odnalezienia krzyża, na którym umarł Jezus Chrystus. Z tym wydarzeniem związana jest postać cesarzowej – świętej Heleny, której pałac przekształcono na bazylikę. W tej świątyni umieszczono następnie drogocenną relikwię Krzyża przywiezioną z Jerozolimy.

W mogilskim sanktuarium czcimy relikwie Chrystusowego Krzyża oraz związany od wieków z naszą bazyliką łaskami słynący wizerunek Pana Jezusa Mogilskiego. Kiedy cystersi przybyli do Mogiły, zastali tu resztki obrzędów pogańskich, odprawianych u stóp kopca Wandy, córki Kraka – legendarnego założyciela Krakowa. Postawili tu krzyż i rozpoczęli ewangelizację. Następnie wybudowali kościół, w którym Chrystusowy Krzyż zajaśniał szczególnymi łaskami. Jego dzieje, a zwłaszcza początki, giną w zakamarkach historii. W południowej ścianie krużganków klasztornych znajduje się wmurowana płyta pochodzącą z kaplicy Krzyża Świętego, noszącą ślady wyżłobione kolanami pielgrzymów. Jest ona świadectwem bardzo żywego kultu, który rozwijał się w poprzednich wiekach.

Odpust w Mogile rozpoczyna (13 września) Msza św. z procesją, podczas której niesione są relikwie Krzyża Świętego. W dni powszednie odpustu, według stałego porządku, odprawiane są w bazylice Msze św. (06.30, 07.30 (zbiorowa za zmarłych), 08.30 (zbiorowa za żywych), 10.00, 12.00, 15.15, 18.00) i nabożeństwa, podczas których przybywający licznie pielgrzymi rozważają mękę naszego Zbawiciela, uwielbiają Go i dziękują za wszelkie dobro w życiu.